ارکان سازمان قطار شهری قم عبارتند از:
الف- شوراي سازمان
ب- هيأت مديره
ج- مديرعامل
د- بازرس
شوراي سازمان متشكل از پنج ( ۵) نفر به شرح زير مي باشد:
1 - استاندار بعنوان رئيس شورا يا جانشين استاندار
2 - شهردار
3 - رئيس شوراي اسلامي شهر
4 - يك نفر كارشناس داراي مدرك تحصيلي ليسانس و يا بالاتر در امور حمل و نقل و ترافيك با داشتن حداقل ۴ سال سابقه و تجربه در امور و مسائل مربوط به سازمان با معرفي شهردار و تأييد وزارت كشور.
5 - نماينده وزارت كشور
هيأت مديره سازمان مركب از پنج نفر عضو اصلي و دو نفر عضو علي البدل ميباشد و تركيب آن به شرح ذيل مي باشد:
1 - معاون امورعمراني استانداري كه سمت رئيس هيأت مديره را خواهد داشت
2 - شهردار
3 - يك نفر كارشناس مطلع و آگاه كه علاوه برداشتن مدارك علمي و تخصصي مربوط، داراي تجربيات كافي در مسائل حمل و نقل و ترافيك شهري باشد به پيشنهاد شهردار، تأييد شوراي سازمان و با حكم رئيس شورا منصوب مي شود.
4 - يك نفر كارشناس ذيصلاح داراي مدرك تحصيلي ليسانس و يا بالاتر مطلع به امور سازمان با معرفي شركت مادرتخصصي توسعه حمل و نقل ريلي كشور.
5 - مديرعامل سازمان .
مدیر عامل:
مديرعامل بالاترين مقام اجرايي سازمان است كه عهده دار اجراي مصوبات شوراي سازمان و هيأت مد يره مي با شد.
مهندس منصور درویشی مدیرعامل
بازرس:
جناب آقای مهرداد توکلی مقدم به عنوان بازرس سازمان